La Comunidad cuenta en la actualidad con cinco grupos de investigación sanitaria (Ramón y Cajal, La Paz, La Princesa, 12 de Octubre y Fundación Jiménez Díaz), lo que sitúa a Madrid a la vanguardia en investigación en esta área. Además, 3 hospitales públicos más están en proceso de acreditación que son el Hospital Universitario Gregorio Marañón, el Hospital Puerta de Hierro-Majadahonda y el Hospital Clínico San Carlos.